По багу с посадкой/высадкой. Эти лодки были на карте с самого начала? Похоже на ошибку самой карты, либо картостроитель пользовался "кривыми" программами при создании карты. Дело в том, что лодки нумеруются, начиная с 0. И, скорее всего, как и другие объекты на карте (типа "Беседок"), лодки начинают дублироваться (по сути быть одним и тем же объектом в нескольких экземплярах), если их номер превышает 47. В Ваших сейвах лодки имеют одинаковый порядковый номер 48. Отсюда сей баг.
По багу с призраками. Игра не делает различий между существами при имитации боя (по крайней мере, так есть в Героях 1). Поэтому на месте призраков, наверное, мог бы быть любой отряд. Получается, игра позволяет оставлять 0 ед. в левом стеке. В Героях 1 такое возможно при k >= 0,999 ("коэффициент гибели"), но уже при k >= 0,99 происходит слив / поражение нейтралов, что исключает первый вариант. Возможно, в Героях 2 немного другой алгоритм определения количества погибающих существ в стеке при имитации битвы?