Может, от фильтра зависит? У меня всё отлично исчезает. Заметил, что в HD моде это случается с кнопками. Особенно часто с кнопкой BEGIN.
Если это как-то можно улучшить, то, наверное, только RoseKavalier подскажет.
* * *
Посмотрел HotA. Точно так же немножко заметны кнопки после закрытия диалога, но нет прямо, чтобы запаздывали. Использую режим 32-bit OpenGL by Verok, SmoothSal x2 + Hermite.
Есть ещё вариант гасить кнопку перед закрытием окна. Потом попробую.