Пробовать менять signed и unsigned. Также нужно попробовать поиграться со смещенными указателями.
Вообще, мне это больше напоминает то, что со структурами что-то не то. Нужно строго знать правильные смещения и размеры каждого поля, четко определить размеры структур. Тогда проблем возникнуть не должно. Тогда все должно работать правильно. Единственное, что IDA не может определить автоматически это смещенные указатели.